כחלק מתהליך ההתחדשות, וכדי לבטא את אהבת האדם והקהיליתיות המאפיינת את מסילות, הוחלף אף סמל בית הספר, זאת בסיוע המעצבת הגרפית בהתנדבות עדי לוקאי.
על מנת להגדיל את תחושת השייכות למוסד החינוכי בו לומדים תלמידי "מסילות" ולהעלות את דימויים העצמי כיתר מקהילת התלמידים, לראשונה תונהג בבית הספר בעת הקרובה, תלבושת אחידה.
במסגרת תנופת התחדשות זו, וביוזמת מחוז תל אביב במשרד החינוך ועיריית בת-ים, נפתח בבית ספר "מסילות" בית ספר צומח לתלמידים בעלי PDD, החל מכיתה א'. בית הספר המתחדש והצומח בא לתת מענה מקצועי לכל התלמידים – הוותיקים והחדשים כאחד.
צוות בית הספר, בניהול מירה בר זיו, אשר יוזמת ומובילה את התכניות הייחודיות, מתחדש ונכון לכל האתגרים החדשים העומדים בפניו ובהם התחדשות תכניות תעסוקה דוגמת מפעלי קונדיטוריה ונגרות, וכן תכנית משטרה קהילה, אשר נועדה להקנות לבוגרי בית הספר כישורי חיים ומיומנויות למוגנות אישית בחברה.