עד עתה ההחלטה האם להאשים חייל בעבירות הכרוכות ברישום פלילי ניתנה בידי התביעה הצבאית בעת הגשת כתב האישום ולא בידי בית הדין הצבאי. כך לדוגמא במקרה של מפקד שהטריד מינית את פקודתו השאלה האם תרשם הרשעתו במרשם הפלילי תלויה בשאלה האם התביעה בחרה להאשימו בעבירה שהרשעה בה נרשמת במרשם הפלילי כ"מעשה מגונה" או "הטרדה מינית" או בעבירה שאינה נרשמת במרשם הפלילי כ"התנהגות שאינה הולמת".
ההחלטה של התביעה הצבאית כובלת את ידיו של בית הדין הצבאי. כוחה של התביעה הצבאית מאפשר לה להפעיל לחץ על הנאשם להודות בעבירה שאינה נרשמת במרשם הפלילי אף אם אינו אשם בה, ולא יסתכן בהרשעה בעבירה שנרשמת במרשם הפלילי.
לדברי ח"כ ד"ר דב חנין (חד"ש): "אין סיבה שעבירות משמעת קלות במהלך השירות הצבאי, כמו גם סירוב פקודה ירשמו במסגרת הרישום הפלילי שנים ארוכות ויפגעו בסיכויים להתקבל לעבודה במגזר הפרטי או הציבורי. החוק קובע סוף סוף הבחנה בין עבירות בעלות אופי פלילי וצבאי ומונע מצב לא תקין בו התביעה הצבאית יכולה לסחוט חיילים להודות בעבירות שלא ביצעו רק בכדי להימנע מהסיכון שבהרשעה וברישום פלילי".