כתוצאה מפעילות זו, נגרם נזק למתקן הטיפול בשפכים והערוץ נסתם בבוצת שפכים. לפי הסיכומים עם מערכת הביטחון בנושא, לפני העבודות יבוצע ניקוי של אזור הסבכה וכל פעילות שכזו תתואם מראש בכדי תתאפשר היערכות מתאימה במתקן לטיפול בשפכים ולאורך הנחל.
לאור הפגיעה במתקן וחוסר היכולת לטפל בשפכים המגיעים מנחל שכם, זוהמו נחל שכם ואלכסנדר באופן ניכר. צוותים של המשרד להגנת הסביבה נמצאים במקום לאמוד את גודל הנזק ואנשי המתקן לטיפול בשפכים בוחנים את חומרת הפגיעה במתקן בו נפגעו משאבות וכרגע הוא מתפקד חלקית בלבד.
פגיעה חמורה זו בנחל מתעצמת אף יותר לאור התרחשות המקרה בסמיכות לחגים בהם אלפי נופשים מגיעים לסביבה לבלות בחיק הטבע לאורך הנחל.