בעשור האחרון איתרה רשות נחל הקישון 172 אירועי זיהום בנחל קישון ויובליו שמקורם בשפכים עירוניים ובתעשייה. שרון נסים, מנכ"לית רשות נחל הקישון: "הרשות שומרת על הנחל ממפגעים שונים ואנשיה הם העיניים בשטח. בכל שנה אנו מאתרים עשרות אירועי זיהום, כאשר לחלקם הגדול השפעה שלילית על המערכת האקולוגית בנחל והם פוגעים במאמצי השיקום בטווח הארוך. הרשות תמשיך לפעול למניעת זיהום הנחל תוך פיקוח ובקרה מתמדת על הגורמים במרחב וכן תפעל עם גורמי האכיפה למניעת הישנות מקרים אלה".
בספירה הארצית שנערכה היום מסתבר כי בנחל הקישון מתקיימת מושבת לינת קורמורנים הגדולה בארץ. רשות נחל הקישון מדווחת כי בספירת קורמורנים שנערכה היום בבוקר (3.1.2012) נספרו 3,485 קורמורנים גדולים במורד נחל קישון
השר להגנת הסביבה, גלעד ארדן, ליו"ר 'חיפה כימיקלים':"לא יעלה על הדעת שמפעל כמו חיפה כימיקלים, שזיהם במשך עשרות שנים את נחל הקישון וראה בו תעלת ביוב לצרכיו, יתנער מאחריותו הבסיסית, ויסרב להשתתף בעלויות שיקום הנחל."
רשות נחל הקישון מזמינה את הציבור להשתתף במסע אופניים ראשון מסוגו להכרת נחל קישון המשתקם: האירוע יכלול רכיבת שטח בשני מסלולים (מסלול אתגרי ומסלול משפחות). את מסלולי השטח יובילו מדריכי הרכיבה של ביה"ס "עז הרים"