בבקשת התנועה נאמר: "פרשיית רפי רותם הנה בין המקרים החריגים והמקוממים ביותר של התנהלות בלתי מאוזנת ובלתי נקייה של מערכת אכיפת החוק. פרשה זו, עניינה בהליכים פליליים שננקטו כנגד חושף שחיתות, בנמרצות יתרה ובחד צדדיות בוטים. הגם שלכאורה מדובר במקרה פרטי, הרי שהוא מהווה חלק מתופעה מסוכנת במסגרתה מערכת אכיפת החוק מעדיפה לרדוף את חושף החשדות לשחיתות – במקום לערוך בדק בית אצלה פנימה.
התנועה אינה מקלה ראש באישומים התלויים ועומדים כנגד מר רותם ואינה מזלזלת בצורך להגן על עובדי הציבור מפני התנהגות פוגענית, התנועה כמובן אף אינה מזדהה עם ההתבטאויות של מר רותם, עם תוכנן ועם צורתן ואינה תומכת בסגנון התנהלותו. יחד עם זאת,התנועה סבורה שאין להתעלם מהפגיעה הקשה שמערכת אכיפת החוק יצרה כאן הן בעקרונות של הגינות והן בערכי הצדק.
רותם, שפעל בכל כוחו, נפשו ומאודו למען ניקיון ותקינות מערכת עתירת כוח, זועק את זעקתו כבר למעלה מעשור, אך לשווא. חשדות חמורים ביותר אינם נחקרים באופן יעיל ואפקטיבי, והמערכת מתעלמת ממחדליה ונאבקת אך ורק בו. מאדם מצליח, מכובד, איש אכיפת חוק מוערך, הפך הוא ל"מצורע". כבודו וזכויותיו נרמסים בהליכים המתמשכים נוקטים נגדו רשויות אכיפת החוק.
ניתן להניח, כי לו היו משקיעות אותן רשויות אכיפה את אותן החריצות והנחרצות שהן משקיעות בסתימת פיו של הנאשם - בחקירת החשדות עליהם הוא מלין - ניתן היה למנוע את כל ההליך הזה. די בעובדה מצערת זו כדי לשמוט את הקרקע תחת ההליך ולהצדיק את ביטול כתב האישום.
נוכח חוסר הצדק הבוטה, חוסר הסימטריה וכן העוול שנגרם לרותם, עמדת התנועה היא כי חיוני שבית המשפט הנכבד ייתן בהכרעתו משקל מכריע למכלול המניעים ולהשתלשלות העניינים שעמדו בבסיס הגשת כתב האישום כנגד מר רותם, ויחיל את דוקטרינת "ההגנה מן הצדק" בתיק זה.
התנועה למען איכות השלטון בישראל, כמי שנלחמת מזה 26 שנה בתופעות של שחיתות שלטונית ומינהל קלוקל ופועלת למען ההגנה על חושפי שחיתות, סבורה כי צירופה להליך כ"ידיד בית המשפט", יתרום להליך זה. שכן תוכל היא להאיר בפני בית המשפט את התמונה הרחבה יותר של הליך זה כמו גם את אותן השלכות רוחב על גורלם של חושפי שחיתות ולהביע את עמדתה העקרונית בעניין תחולת ה"הגנה מן הצדק"."
