המוזיאון, אליו הכניסה כלולה במחיר הכניסה לגן השלושה, מכיל אוספים ארכיאולוגיים חשובים ונדירים ממגוון תקופות ואזורים גיאוגרפיים שונים, ביניהם אולמות עם ממצאים מאתרי האזור, אולמות עם אוספים נדירים המייצגים תרבויות ים תיכוניות קדומות (בתוכן איטליה, יון, תורכיה, פרס ,מצריים ועוד), אוסף נדיר של כלים מהתרבות האטרוסקית בצפון מערב איטליה, בית בד וגת משוחזרים ועוד.
בנוסף לאחרונה גם נפתחה במוזיאון תערוכה חדשה: 'מהמחצבה אל המקדש- סלעים ומינרלים מבטן האדמה', במסגרתה מוצגים בין היתר - סלעים ומינרלים שמקורם מבטן האדמה ממדינות שונות ברחבי העולם (ניו זילנד, נמיביה, קנדה, גרמניה, דרום אמריקה ועוד); דגמים מוקטנים בקנה מידה של מבנים ארכיטקטוניים מפורסמים בעולם הקלאסי, היווני והרומי; כלי עבודה בתוכם קרדומים, פטישים, אזמלים ויתדות ששמשו לחציבה וסיתות אבן במאות השנים האחרונות; פריטי שיש מתוך מטמון לוחות השיש שהתגלה בעכו, לצד לוחות שיש נוספים שמקורם מהיפוס סוסיתא ומאוספי המוזיאון; שחזורים של מבנים שונים דמויי אבן ועוד.
הכניסה למוזיאון כלולה במחיר הכניסה לגן השלושה-סחנה. שעות פעילות המוזיאון בחורף: א'-ה', שבת – 10:00-14:00; שעות פעילות גן השלושה – סחנה בחורף: א'-ה', שבת: 8:00-16:00, שישי: 8:00-15:00
