בדו"ח הפיקוד העליון – השפעת מתנחלים על פעילות צה"ל בגדה המערבית שופך אור על מה שהדרג המדיני והצבאי הבכיר אינו יודע במקרה הרע או מתעלם ומשתיק במקרה הגרוע: יחידות וחיילי צה"ל הפכו, לאורך עשרות שנות כיבוש, לצבא שלא רק מגן על מתנחלים החיים בגדה המערבית, אלא גם כפוף במקרים רבים לפקודותיהם ולהוראותיהם, ופועל בהתאם לערכיהם.
המתנחלים נוטלים חלק פעיל בהשלטת המשטר הצבאי על הפלסטינים והתוצאה של תהליך זה היא הגברת הדיכוי האלים של הפלסטינים, דחיקתם מאדמותיהם, הרחבת ההתנחלויות וחיזוק אחיזתם של המתנחלים בשטחי הגדה המערבית.
הרקע לדוח: ב-24 במרץ 2016 ירה החייל אלאור אזריה למוות במחבל פלסטיני פצוע בחברון. צילומי האירוע חשפו לעיני הציבור, בין היתר, את עומק המעורבות של מתנחלי חברון בזירה המבצעית והשפעתם על התנהלות חיילי ומפקדי צה"ל: בצילומים רואים בבירור שמה שהתחיל בקריאות מתסיסות של מתנחל (עופר אוחנה) "הכלב עוד חי, שמישהו יעשה משהו", נגמר בלחיצת יד וטפיחה על השכם שקיבל אזריה מברוך מרזל לאחר הירי.
בעקבות תקרית הירי בחברון פנה "שוברים שתיקה" לרמטכ״ל, רא"ל גדי אייזנקוט, והביא בפניו עדויות רבות המתארות את ביטויים שונים למעורבות של מתנחלים בפעילות צה"ל בגדה והשפעתם על פעילותם המבצעית של חיילי צה"ל. לשכת הרמטכ"ל השיבה ל"שוברים שתיקה" במסמך רציני המפרט את הנהלים והעקרונות שלאורם פועל הצבא בגדה המערבית ושלפיהם מתקיים הקשר והמגע עם מתנחלים. פערים משמעותיים בין המצוין במכתב הרמטכ"ל לבין המציאות עימה מתמודדים חיילים בשטח, לצד העדר נכונות המטכ"ל לבחון את הכשלים שעולים מתוך עדויות החיילים – הולידו צורך בקיומו של תחקיר מעמיק בו נבחנו הנהלים והעקרונות שבתשובת הרמטכ"ל מול המציאות העולה ממאות עדויות חיילים וחיילות ששרתו בשטחים. התחקיר חשף פערים מהותיים בין המציאות בפועל לבין זו המתוארת בקרייה.
בתחקיר זוהו שישה היבטים שהארגון סבור שדי בהן כדי להמחיש את הפער ואת חומרת המצב: · מעורבותם והשפעתם של מתנחלים בפעילות מבצעית גרידא - קביעת מערכי שמירה ותחומי השמירה של חיילים על התנחלויות, השתתפות בדיונים צבאיים, פיקוד ישיר על הכוחות בשטח ועוד.
· אי אכיפת החוק והסדר על מתנחלים אלימים כעניין שבשגרה המתקיים והעדר הנחיות והוראות ברורות הניתנות לחיילים לגבי סמכותם במקרים כאלו.
· ביצוע משימות אבטחה על ידי חיילים באירועי פנאי ותרבות של מתנחלים המתקיימים לעיתים כאקט פרובוקטיבי ופוליטי בתוך כפרים וערים פלסטיניים, וזאת תוך סיכון החיילים ופגיעה בשגרת החיים הפלסטינית.
· מתנחלים מספקים כעניין שגרתי ומקובל אוכל לחיילים במהלך פעילות מבצעית, מחלקים להם מתנות ומארחים אותם לארוחות בבתיהם, בחלק לא מבוטל מהמקרים תוך ניצול יחסי הקרבה להטמעת ערכים ואג'נדה פוליטית.
· מעורבות מתנחלים בפעילויות חינוכיות במסגרתן מועברים תכנים פוליטיים ודתיים.
דו"ח זה נשלח לרמטכ"ל ולכל חברי הכנסת ומצורפת בו קריאה לפתוח בבדיקה של הקשר בין המתנחלים וצה"ל על מנת להביא להפסקה של ההשפעה הפסולה של המתנחלים על חיילי צה"ל.
מנכ"לית שוברים שתיקה, יולי נובק: "הדרג הפיקודי והמדיני הבכיר מתעלם ומאפשר למתנחלים להפוך את הצבא בגדה לכלי שמשרת את האינטרסים הפוליטיים שלהם . אלאור אזריה עומד למשפט ובקרוב יגזר עונשו, אבל אותה מערכת צבאית שתובעת למצות עמו את הדין, מעלימה עין מהמעורבות השוטפת של מתנחלים בפעילות צה"ל ומאפשרת להם להמשיך להסתובב חמושים ברחובות חברון ולתמרן את הצבא לפי האינטרסים הפוליטיים שלהם. ".