המחקר מבוסס על עדויותיהם של 121 פלסטינים, שהוחזקו במתקן פתח-תקווה בשנת 2009. מהעדויות, שנגבו בפגישה אישית עם כל עציר בידי עורכי דין ותחקירנים מטעם המוקד ובצלם עולים דפוסי התנהלות ברורים של הרשויות. העדים אינם מהווים מדגם מייצג סטטיסטית אולם עדויותיהם מאפשרות ללמוד על השגרה הנהוגה במקום.
מהמחקר עולה כי במתקן מבוצעות הפרות קשות של זכויות האדם של הכלואים, החל מרגע המעצר וכלה במועד העברתם מהמתקן. בין היתר מדובר בתנאי כליאה אכזריים בתאי צינוק אטומים, בהחזקה בתנאי בידוד, בתנאי היגיינה מחפירים, בכבילה ממושכת בחדר החקירות ללא אפשרות להניע את הגוף, במניעת שינה ובאמצעים אחרים הפוגעים בגופו ובנפשו של הכלוא.
"תשעה אחוזים מהעדים מסרו שחוקרים הפעילו כלפיהם אלימות פיזית בחדר החקירות. שימוש בכל אחד מהאמצעים הללו לחוד, וודאי באופן מצטבר, עולה כדי יחס אכזרי, לא אנושי ומשפיל, ובמקרים מסוימים מגיע לכדי עינויים. כל אלו אסורים באיסור מוחלט, שאין לחרוג ממנו ע"פ הדין הישראלי וכן ע"פ הדין הבינלאומי." נאמר בדו"ח.
ההתנהלות כלפי הכלואים, כפי שהיא מתוארת בדו"ח, זוכה לגיבוי מצד רשויות המדינה. בכל הנוגע למעשיהם של חוקרי השב"כ הוגשו למשרד המשפטים מאז שנת 2001, 645 תלונות של נחקרים – אף לא אחת מהן הובילה לחקירה פלילית כנגד חוקר.
בשנת 1999 קבע בג"ץ כי לחוקרי שב"כ אין סמכות לחרוג ממה שמקובל בחקירה משטרתית רגילה, שחייבת להתנהל באופן סביר והוגן, מבלי לפגוע בכבודו של הנחקר. בית-המשפט פסל שורה של שיטות חקירה שבהן השתמש השב"כ באותה תקופה. ממצאי המחקר הנוכחי מלמדים כי על אף השינויים המשמעותיים בשיטות החקירה מאז, נראה כי השב"כ לא קיבל את התפיסה העקרונית והמהותית העולה מפסק-הדין, שלפיה חלים על השב"כ, בכל הנוגע לחקירות, אותם כללים החלים על המשטרה. חקירות השב"כ עודן מתבססות על אמצעים פוגעניים ואכזריים – בניגוד לפסיקת בג"ץ ולמשפט הבינלאומי – וחורגות באופן מובהק מדיני החקירה הרגילים.
"מדינת ישראל מנסה להצדיק את ההפרות הקשות של זכויותיהם של העצורים במאמצים חיוניים לסיכול מעשי טרור חמורים. אולם, טענה זו אין בה כדי להתיר חריגה מהאיסור המוחלט על יחס אכזרי, בלתי-אנושי ומשפיל ועל עינוים. ניסיונה של ישראל להסיט את הדיון הציבורי למה שמכונה "דילמת הפצצה המתקתקת" הוא מלאכותי, כפי שעולה בבירור מדו"ח זה. זאת כיוון שרוב העצורים שמסרו את עדויותיהם לצורך הדו"ח לא נחשדו בעבירות חמורות יחסית למדרג העבירות המיוחסות לפלסטינים בבתי המשפט הצבאי בשטחים, וחלקם אף הואשמו בפעילות שהיא פוליטית או דתית במהותה. העובדה שההתעללות בכלואים נמשכה תקופה ארוכה לאחר שחקירתם הסתיימה מפריכה גם היא את הטענה שכל תכליתה הוא סיכול מעשי טרור. בחלק ניכר מהמקרים, המשיכה המדינה להחזיק את העצורים במתקן פתח תקווה, בתאי הצינוק שתוארו, בתנאים מחפירים ולעתים אף בבידוד, זמן רב לאחר שחקירתם הסתיימה." אומרים מחברי הדו"ח.
שני פעילי ימין קיצוני שנחקרו על ידי השב"כ במתקן פתח-תקווה לאחרונה טוענים כי גם הם נחשפו לחלק מהאמצעים המתוארים בדו"ח. חיים פרלמן, שנחקר ע"י השב"כ בחשד לרצח ערבים על רקע לאומני, טען בדיוני הארכת מעצרו כי הוא מוחזק בתנאים קשים ועובר התעללות הכוללת כבילה ממושכת לכיסא. טענות אלה הועלו גם בדיונים בעניינו של דוד סיטבון, שנחקר בחשד שסייע לפרלמן.
"על מדינת ישראל מוטלת אחריות לעקור את השימוש באמצעים אלה מהשורש. בכלל זה נדרשות פעולות, שיביאו לשלוש תוצאות הכרחיות: הפסקת ההפרה של זכויות אדם, הענשת העבריינים ופיצוי הקורבנות. בנוסף, ישנה חשיבות לחקירה עצמאית מלאה, בלתי-תלויה ושקופה של ההפרות-לכאורה ולפרסום מלא של ממצאיה." מסכם הדו"ח.
