בדיון סוער שהתפתח במליאה, אמר ח"כ הורוביץ כי "נציבות הדורות הבאים הייתה יוזמה ישראלית נפלאה שהתגשמה לפני עשור, במטרה להכניס לתהליך החקיקה את ההשלכות כלפי עתיד, ולהבטיח פיתוח נכון שלא יפגע בחברה ובסביבה. זו הדרך לקבל החלטות במאה ה-21. נציבות הדורות הבאים של כנסת ישראל היתה מודל לעשרות פרלמנטים בעולם שכוננו מוסדות דומים. חבל שחברי הכנסת גפני ולוין מחזירים אותנו שנים ארוכות אחורה".
"זהו יום מביש לכנסת. היא משדרת היום מסר של אי-התחשבות בציבור והעדפה של אינטרסים קצרי טווח של לוביסטים, שרואים בנציבות מכשול בפני בעלי הון ובעלי אינטרסים. הגענו למצב בו הלוביסטים הם המחוקקים וחברי הכנסת עובדים עבורם ולא עבור בוחריהם והדורות הבאים".
ח"כ הורוביץ קרא ליו"ר הכנסת לעצור את ביטול הנציבות ולמנות בהקדם נציב חדש וראוי. "לא יעלה על הדעת שמשנת 2006 אין בישראל נציב לדורות הבאים כמוגדר בחוק. הכנסת הופכת את תהליכי הבקרה, הביקורת, והייעוץ לבדיחה עצובה במיוחד", אמר הורוביץ.
ח"כ גפני הכריז שהוא יקיים הידברות עם ארגוני הסביבה על תיקונים אפשריים בנציבות וחיזוק המממ (מרכז המחקר והמידע), אליו אמורות לעבור סמכויות הנציבות.
נאור ירושלמי, מנכ"ל "חיים וסביבה" הביע צער על החלטת הכנסת. לדבריו: "ההחלטה מעבירה מסר שהכנסת מפנה עורף לדורות הבאים, ומתכחשת למגמה הכלל-עולמית של פיתוח בר-קיימא ותכנון לטווח ארוך. מבחינתנו המאבק לא הסתיים ואנו נמשיך לפעול לביטול הצעת החוק גם בהמשך תהליך החקיקה בכנסת. אנו מצפים מהכנסת שתימצא הדרך להבטיח את ביצוע המשימות החשובות שביצעה נציבות הדורות הבאים."
יו"ר התאחדות הסטודנטים בישראל, איציק שמולי מסר כי "החלטת הכנסת מאכזבת ומקוממת ומעידה על הקשר הרופף בין הכנסת ובין צעיריה. כבר היום הכנסת כמעט ואינה מביאה בחשבון את עמדות הדור הצעיר בעת קבלת ההחלטות שישפיעו על חיינו עוד שנים רבות. הנציבות ממלאת פונקציה חשובה בעבודת הכנסת ומחזקת את האמון שלנו הצעירים במוסד זה. ההחלטה האומללה הזו תגרום בדיוק את ההיפך ובכוונתנו לפעול לסיכולה".