עוד קבעו השופטים כי "כאשר מדובר בתכניות בעלות השפעות סביבתיות ניכרות וארוכות טווח על מוסד התכנון ליתן משקל רב ביותר לשיקול הסביבתי". בנוסף, התייחסו השופטים בפסק הדין לייחודיות השטח שבו אמור היה להיסלל הכביש: "סלילת כביש כדוגמת כביש 9 באזור שבעיקרו הוא שטח פתוח, שחלקו הוא בעל ערכיות סביבתית גבוהה במיוחד, תביא לשינוי משמעותי ביותר באופיו של אזור זה. האזור יהפוך משטח פתוח (טבעי או חקלאי) לשטח בנוי, על מפגעי הרעש וזיהום האוויר הכרוכים בקיומו של כביש מהיר ועל הפגיעה הקשה בנוף הכרוכה בכך".
יש לציין כי בפסק הדין עשו שופטי בג"ץ הבחנה בין חלקו המזרחי של הכביש לבין חלקו המערבי, ואישרו למדינה לסלול את חלקו המזרחי של הכביש בשל שיקולי הפיתוח של העיר חדרה ויתר יישובי האזור.
עו"ד אסף רוזנבלום, אדם טבע ודין ציין כי מדובר בפס"ד בעל השלכות רחבות היקף, אשר קובע כי לא ניתן לפסול חלופות סביבתיות סבירות על הסף: "מדובר בפסק דין עקרוני אשר מבסס את מעמדו המשפטי של תסקיר ההשפעה על הסביבה בישראל וקובע מסגרת לשיקול הדעת של מוסדות התכנון. המשמעות היא שמעתה, מוסדות התכנון לא יוכלו לפסול חלופות סביבתיות מבלי שנעשתה בדיקה אובייקטיבית בתסקיר".
כביש מס' 9 הינו כביש רוחב שמטרתו לחבר את כביש מספר 2 (חיפה – ת"א) לכביש מספר 6 (כביש חוצה ישראל) - באזור שמדרום לחדרה בחלקו המערבי ומצפון לאזור התעשייה של עמק חפר בחלקו המזרחי. רוב השטח בו אמור לעבור הכביש הוא בעל רגישות סביבתית גבוהה ביותר הן מבחינה נופית והן מבחינה הידרולוגית. מהבחינה הנופית כביש מספר 9 עובר על שמורת טבע "בריכת יער" – אזור עשיר במיני צומח וחי נדירים ומיוחדים, המהווה מוקד משיכה למטיילים ולמבקרים, על גן לאומי "נחל אלכסנדר" ועל פארק לאומי "גן השרון" – אזורים המאופיינים בדיונות חול מיוצבות מהאחרונות בנוף ארצנו.
מהבחינה ההידרולוגית, מרבית שטח התוכנית עובר באזור רגישות הידרולוגית גבוהה של אקוויפר החוף, באזור ממנו מפיקים כ – 5 מיליון מטרים מעוקבים מדי שנה (כ – 5% מכלל ההפקה באקוויפר מזיקים ועד בנימינה).
בשנת 2005 עתרה 'אדם טבע ודין' לבג"ץ, לאחר שהוועדה לתשתיות לאומיות דחתה את ההשגה שהעבירה העמותה לסלילת כביש 9. בעתירה, טענה אדם טבע ודין כי תסקיר ההשפעה על הסביבה שעליו הסתמכו באישור התכנית אינו עונה על הדרישות, זאת לנוכח החשיבות הסביבתית וההידרולוגית של האזור. כמו כן טענה העמותה כי לא נבדקה האפשרות לשפר את כבישי הרוחב שמדרום ומצפון לכביש זה כחלופה לסלילתו.
כמו כן בעתירה נטען כי ללא בחינה מקיפה של החלופות וכן ללא תיקונים המחויבים לנוכח הרגישות הסביבתית והידרולוגית של השטחים בהם עובר הכביש, התסקיר אינו שלם ומכאן שהתכנית אושרה על סמך תשתית מידע לקויה, ולכן לא ניתן לאשרה.
