ביום 14 בינואר 2009 פרצה שריפה במחסן חומרים מסוכנים במפעל, הממוקם באזור התעשייה הצפוני של אשדוד. מפעל אגן כימיקלים נמצא בסמיכות רבה למושב ניר גלים ,שתושבי סבלו במשך שנים ממפגעי ריח ורעש וחיו תחת חשש לחשיפה לסיכונים מחומרים מסוכנים .בעקבות השריפה נפלטו חומרים מזהמים לאוויר ולנחל לכיש ותושבי ניר גלים התפנו מהיישוב מחשש לבריאותם.
השריפה עצמה היתה תוצאה של אי הערכות סביבתית נדרשת של המפעל ואי עמידה בדרישות המשרד. יש לציין כי מאז אירוע השריפה, ובעקבות פתיחת המשרד להגנת הסביבה בחקירה, הציג המפעל למשרד תוכנית חירום מיידית לטיפול בכל הבעיות הסביבתיות שרובן נפתרו וחלקן נמצא כרגע בביצוע. את שלבי התקדמות הפעילות הסביבתית של המפעל ועמידה ברף הסביבתי הנדרש מלווה גם השר ארדן באופן אישי .
בעקבות חקירה שנפתחה על ידי המשטרה הירוקה של המשרד להגנת הסביבה, הגיש המשרד ביום חמישי כתב אישום שעניינו הפרות של תנאים בהיתר הרעלים שניתן למפעל, בתקופה שבין יוני 2008 ופברואר 2009, כפי שנתגלו בסיורים שונים שביצע המשרד להגנת הסביבה. כתב האישום מייחס לחלק מן הנאשמים גם עבירות של זיהום מים וזיהום אויר חזק או בלתי סביר כתוצאה מאותו אירוע.
