האגודה לזכויות האזרח וערביי יפו עתרו נגד הזכייה, וטענו כי מדובר באפליה. נשיאת בית המשפט העליון דורית בייניש, והשופטים יורם דנציגר ואסתר חיות הדגישו כי לעתירה אין מקום, היות ומדובר כבר ב"מעשה עשוי" ובזכייה במכרז חוקי. פרקליטות המדינה הגנה באופן נחרץ על עמדת עורכי הדין של "באמונה" מנשה וחניש וברוך אלגרבלי, וטענה כי לציבור הדתי-לאומי זכות להתארגנות עצמאית וקהילתית בדיוק כמו לציבור החרדי. "לעותרים הייתה את האפשרות לגשת למכרז ואולי אף לזכות בו – והם בחרו לא לעשות זאת", אמרה בדיון נציגת הפרקליטות עו"ד עציון תדמור.
בקשת שופטי בג"ץ מהעותרים למשוך את העתירה, מלמדת כי בכוונתם ככל הנראה לדחות אותה. בית המשפט המחוזי בתל אביב דחה לפני כחמישה חודשים את העתירה ופסק כי מנהל מקרקעי ישראל פעל בשוויון כאשר קבע כאמת מידה יחידה לבחירת זוכה במכרז את התמורה הכספית, והבטיח את הזכייה לבעל ההצעה הגבוהה ביותר.
לדברי ישראל זעירא, מנכ"ל חברת "באמונה" המשמש גם מנכ"ל עמותת "ראש יהודי" הפועלת ללימודי יהדות במרכז תל-אביב, "מטרתנו היא לבוא ליפו כדי לחזק זהות יהודית, חינוך, רווחה ועזרה לזולת בגוש דן, והקרקע בשכונה נבחרה משום שהייתה הזולה ביותר באזור. עד היום בכל מקום שהוקם גרעין-תורני, הוכח שהפשע והאלימות ירדו, החינוך השתפר, וכל תושבי האזור – ערבים כיהודים – נהנו מכך. אנו משוכנעים שגם שכנינו הותיקים ביפו ירוויחו מהשכנים החדשים".
