הטיפול בתחום הגיור נתון בסמכותו של הרב עמאר, כמי שמכהן כנשיא בית הדין הגדול של הרבנות הראשית.כמו כן הדגיש מזכיר הרבנות הראשית, הרב חיים המדינגר, כי אין זה מתפקידה של הועדה לבחון את תוקפם של הגיורים שנעשו עד כה.
הגיורים שנעשו בצה"ל הם חוקיים ותקפים מבחינה הלכתית והחיילים שירצו בכך, יוכלו להרשם לנישואין אצל רושמי הנישואין שקיבלו לאחרונה סמכות מהרבנות לרשום את הנישאים, גם אם אין הם מכהנים בעיר בה מתגוררים החיילים השונים.
ההחלטה לבחור ועדה גם אינה פוגעת בתוקפם של הגיורים של האזרחים שנעשו עד כה.הבעיה היחידה שהועלתה לאחרונה על ידי פרקליטות המדינה היא הבעיה הפורמלית של תעודת ההמרה. עד כה לא נהג הרב הראשי לחתום על התעודות של החיילים.מאידך כל חייל המציג מסמך של "מעשה בית דין", (שנחתם על ידי בית דין רבני בצה"ל בסמכות הרבנות הראשית לישראל), גיורו יוכר מבחינה הלכתית והוא ירשם ככזה גם על ידי משרד הפנים.
"להעדר תעודת המרה בידו של החייל אין משמעות לגבי התוקף ההלכתי של הגיור", ציין הרב המדינגר. בשיחה עם הרב המדינגר, שפורסמה בעיתון "מקור ראשון", אמר כתב "מקור ראשון" שחוגים המעורים בנושא הגיור אמרו שיתכן שאחת הבעיות שגרמו ל"רעש" הרב בעקבות החלטות הרבנות היא, שההחלטה לא נוסחה כראוי. מזכיר הרבנות הראשית לא פסל נכונות דעה זו, אך גם לא אישר אותה.
