לפי ההחלטה שהתקבלה באסיפת הסגל: "את המל"ג החדש יש לבחור לאחר גיבוש הסכמה לגבי קריטריונים לזיהוי בעלי מעמד בהשכלה הגבוהה, כמתחייב בחוק, ולגבי הנוהל לזיהוי מועמדים מתאימים העומדים בקריטריונים אלו. לשם כך סגל האוניברסיטה העברית קורא לאמץ את המתווה שהוצע ע"י הוועדה הבין-סנאטית. קרי, תוקם וועדה בלתי תלויה, בזיקה לאקדמיה הלאומית למדעים, שתזהה את המועמדים שמתוכם יבחרו חברי המל"ג ע"י השר.
סגל האוניברסיטה העברית קורא לנשיא האוניברסיטה ולור"ה לעמוד על דרישות אלו, ולא להציע מחליפים לחברי המל"ג המתפטרים בטרם יושגו הסכמות על דרישות אלו. אי לכך הסגל מתנגד להסכם זמני עם שר החינוך שלא יתן מענה לדרישות הללו.
במידה שדרישות אלו לא יתקבלו הסגל מאשר לקדם צעדים ארגוניים בתיאום עם מוסדות נוספים להשכלה גבוהה, ובכללם מכללות, וכן עם נציגי הסטודנטים, ובכלל זאת שביתת אזהרה."
פרופ' חיה קלכהיים, המחלקה לניורוביולוגיה רפואית, האוניברסיטה העברית (שהתפטרה ממל"ג) אמרה: "אני מתנקדת להמשך פעילות המל"ג במתכונות של 16 חברים". "אני קוראת לפיזור מידי של המל"ג הנוכחית, לקביעת קריטריונים שקופים ואובייקטים לבחירת אנשי מדע איכותיים כחברי מל"ג ובכללם של הסיו"ר. .....האירועים הללו חמורים כשלעצמם אך בעיקר מהווים סממן למערכת הנתונה לרצונותיהם של שרים המתחלפים חדשות לבקרים"
פרופ' ברק מדינה, לשעבר דיקן הפקולטה למשפטים באונ' העברית: "פיטוריה של מי שעמדה בפועל בראש המל"ג, פרופ' חגית מסר ירון, שפעלה בנחרצות להקפדה על רמה אקדמית נאותה במוסדות להשכלה גבוהה ולהבטחת החופש האקדמי של חברי הסגל, עלולה להביא לצמצום הפיקוח האקדמי של מל"ג, במחיר של פגיעה בחופש האקדמי והגברת המעורבות של גורמים פוליטיים. זהו שילוב שעלול לפגוע במערכת ההשכלה הגבוהה.
פרופ' יצחק גל-נור, לשעבר סגן יו"ר המל"ג: "ההישגים האדירים של ההוראה והמחקר בישראל ברמה הבינלאומית הושגו בזכות עצמאותם, ובזכות המועצה להשכלה גבוהה המופקדת על פי החוק לא רק על הפיקוח ועל איכות ההוראה, אלא גם על מניעת פוליטיזציה.. שר החינוך הנוכחי סבור שהמל"ג היא עוד יחידה במשרד החינוך, ושמותר לו להכפיף גם אותה לעושי דברו, כדי לכופפה לעמדותיו. ההשכלה הגבוהה חשובה מידי לעתידנו, מכדי לאפשר לשר חינוך כוחני להרוס אותה. אני מציע להקים חזית משותפת של האוניברסיטאות, המכללות והסתדרות הסטודנטים, שלא תשתף פעולה עם השר, כול עוד לא תיבחר מל"ג חדשה. חברי המל"ג החדשה ימונו על טהרת הצרכים האקדמיים של כלל החברה בישראל, ולא לפי אינטרסים אקראיים של השר."
דברי פרופ' משה מאור באסיפה: "כיהנתי במל"ג 5 שנים, מתוכן 4 שנים כיו"ר וועדת משנה תחומית וכחבר בכל יתר הוועדות שאינן תחומיות. מנקודת מבט זו, אני רוצה להצביע על חמש בעיות במל"ג הנוכחית.
לדבריו, "הראשונה נוגעת להשפעה הבלתי-מידתית של נציגי הסטודנטים. בשם עקרון הרחבת הנגישות להשכלה הגבוהה, פעלו בהצלחה נציגים אלו להקפאת החלטות מל"ג שנגעו להעלאת ספי כניסה למוסדות להשכלה גבוהה – כגון הדרישות בנושא האנגלית כשפה זרה - ובעיקור החלטות אלו מתוכנן.
השנייה נוגעת לנרטיב הדומיננטי במל"ג, והוא "המכללות הינן בדיוק באותה רמה כמו האוניברסיטאות ולכן עליהן לקבל את אותו היחס בדיוק". המשמעות של נרטיב זה הינו דרישה להשוואת נטל הרגולצייה המוטל על מכללות לזה של האוניברסיטאות, כלומר להפחתת נטל הרגולציה המוטל על המכללות.
השלישית נוגעת להרכב המל"ג הנוכחי. בשם הרחבת הנגישות להשכלה הגבוהה, פעלה מאז הדחתה של פרופ' מסר-ירון קואליצייה של נציגי מכללות ונציגי ציבור למניעת סגירתן של תוכניות לימוד במספר מכללות בלתי-מתוקצבות שאינן עומדות ברמה הנדרשת. למה הכוונה במושג "רמה נדרשת"?
כאשר למרצים אין כלל בולטות בקהילה האקדמית, כאשר מרצה שמעולם לא פרסם מחקר מלמד קורסים, כולל מספר קורסי מבוא, כאשר מרצה המפרסם מחקרים בנושא א' מלמד בנושא ב', כאשר מרצה שכתב דוקטורט בנושא א' ואינו מפרסם מחקרים כלל מלמד נושא ב' שרחוק מזרח ממערב מנושא הדוקטורט, כאשר עיקר עיסוקם של חלק מחברי הסגל הבכיר הינו בתחום הפרקטי, מחוץ לאקדמיה, כאשר הבחינות אינן מקיפות את כלל החומר והן בדרגת קושי נמוכה מהמצופה בתוכנית המעניקה תואר אקדמי וכאשר בתוכנית המונה כמה מאות סטודנטים יש עשרות מקרים של העתקת עבודות ואף סטודנט אינו מורחק מהלימודים – כולם מקבלים הזדמנות שנייה
הבעיה הרביעית נוגעת למינוי מרצה בכירה לתפקיד סיו"ר המל"ג. העובדה כי הסיו"רית לא סיימה את תהליך קידומה גורעת מיכולתה להחליט החלטות רגולטוריות הנוגעות לסגירת תוכניות לימוד שאינן עומדות ברמה אקדמית נאותה. מדובר בעיקר בתוכניות הנלמדות במספר מכללות בלתי-מתוקצבות.
הבעייה חמישית נוגעת לתפיסת השר הרואה במוסדות להשכלה גבוהה לקוחות, ובמל"ג - ספק שירותים. תפיסה זו מובילה לשימור המערכת הקיימת, שמשמעותה אי תיקון השגיאות של מל"גים קודמים במתן הכרה מוקדם מידיי למספר רב מדיי של מוסדות השכלה גבוהה ובמתן הסמכה קבועה מוקדם מדיי למספר רב מדיי של תוכניות לימוד.
בעיות אלו מובילות למסקנה כי ללא הנהגה אקדמית מתאימה – המל"ג הנוכחית אינה מסוגלת לתפקד כראוי, איננה אוטונומית, ואינה ראויה לאמונם של הקהילה האקדמית ושל הציבור" אמר פרופ' מאור.